昌平校区管理模式采用昌平校区管理委员会机制。组织构架如下：

成员单位：宣传部、保卫处、学生工作办公室、新校区建设办公室、国有资产实验室安全管理处、教务处、北区办、后勤保障部、后勤服务集团、图书馆、信息办公室、国际交流与合作处。

管委会常设机构：北区办。